A ideia do Museu Histórico de Itajaí nasceu do envolvimento de João Amaral Pereira (1923/1983) com colecionismo.  Ele começou criança colecionando primeiramente figurinhas e soldadinhos de chumbo, avançando a seguir,  quando já adulto,  para obras de arte, fotografias, caixas de música, porcelanas.

Também logo se envolveu com o movimento cultural da cidade. Foi membro da diretoria do Centro Cultural de Itajaí, nos anos de 1950,  e participante dos eventos culturais dos Festivais de Inverno, no período 1973/1981.

O destaque a se dar ou a grande contribuição de João Amaral Pereira à cultura de Itajaí, correu por conta de ele entender muito bem a dimensão social e cultural  do colecionismo e o que um bom colecionador pode contribuir para a preservação do patrimônio cultural de uma comunidade. Aí, então, nasceu-lhe a ideia de se criar em Itajaí um Museu e um Arquivo Histórico.

Ele mesmo contou que numa exposição histórica realizada durante o IV Festival de Inverno de Itajaí, em 1976,  vendo todo o interesse do então prefeito municipal pelo material exposto, acercou-se dele e lhe propôs a ideia de se criar em Itajaí um Museu.

Ideia foi aceita imediatamente pelo prefeito Frederico Olíndio de Souza, que o encarregou de elaborar um projeto. João Amaral Pereira, então, propôs a criação de uma Fundação,  para gerir com desenvoltura e autonomia, os futuros Museu e Arquivo Históricos do município.

Lei de 19  de novembro de 1976 criou a Fundação Genésio Miranda Lins e João Amaral Pereira foi nomeado presidente do primeiro Conselho Curador, cujos integrantes se dispunham ao trabalho voluntário e sem remuneração alguma.

De 1977 a 1981, fora o tempo em que João Amaral Pereira, com grande apoio do novo prefeito Amílcar Gazaniga, organizou institucionalmente a Fundação Genésio Miranda Lins, conseguiu uma sede para ela, o prédio da antiga Prefeitura Municipal. O município  restaurou o edifício histórico e teve início primeiramente a montagem do Museu Histórico de Itajaí, no prédio que por escolha dele passaria a ser chamado de “Palácio Marcos Konder”.  Começou também a organização do futuro Arquivo Histórico de Itajaí, só aberto em 1985. Para os acervos do Museu e Arquivo Histórico, João Amaral Pereira deu grande contribuição, doando peças, publicações e documentos de seu acervo particular de colecionador; assim como, as muitas e valiosas doações de tantos outros itajaienses.

Infelizmente, a saúde precária de João Amaral Pereira não lhe permitiu estar presente à inauguração do seu grande sonho de colecionista e  defensor da preservação do patrimônio cultural de Itajaí. O Museu Histórico, que ele montara com tanta dedicação, competência e esmero, foi inaugurado com toda solenidade em 5 de janeiro de 1982, presentes muitas autoridades e itajaienses; mas sem a sua presença. Ele faleceu no primeiro semestre do ano seguinte, com 60 anos incompletos.